从间歇性轻度腹泻至严重患者可致肠粘膜萎缩，造成营养不良。另一方面，婴儿可能会拒绝吃奶， 甚至哭闹，严重的话会引起休克。
牛奶蛋白过敏症反应所显示的症状因人而异, 其症状可以发生在喝下牛奶后立刻产生过敏反应或经过数小时，甚至数天后才开始显示。一位过敏儿可以出现一种或以上的过敏症状，父母应立刻咨询医生：
第一类：初期反应 - 在喝下牛奶45分钟后显现，症状如：腹绞痛、腹泻、呕吐、皮疹、湿疹、偶尔喘息或打喷嚏。
第二类：中期反应 - 在喝下牛奶45分钟至20个小时后显现。 症状如：呕吐及腹泻
第三类：后期反应 - 在喝下牛奶24小时后显现。症状如：腹泻、呕吐、喘息或咳嗽。
如何诊断：
小儿发生腹泻时，要判断是由于牛奶或食物过敏、还是感染引起的腹泻，家长可以通过以下简单方法进行初步判断。根据小儿腹泻前的喂养史选择试验食物，在没有给小儿服用抗过敏药的前提下，将所选择的食物从少量起喂小儿，每隔30至60分钟加倍所喂食物，观察小儿的反应，尤其是起初2小时的反应，因为起初的2小时是过敏反应的高发时间，这样就能找出可能的过敏食物。另外，必须观察幼儿的皮肤是否出现红疹、湿疹或风疹之类的情况以及家人是否有敏感病例。
陈医生建议父母们改用豆粉代替牛奶喂过敏儿，因为它含有足够的热能、维他命和矿物质能满足孩童正常成长和发育需求。一般错误见解认为黄豆粉配方的蛋白质中的营养是不足够的，因为许多人认为，植物蛋白质的品质比动物蛋白质较低。事实上，黄豆蛋白中的黄豆蛋白精华品质优良且有高质蛋白，含有九种必须氨基酸，以满足成长中孩童身体的需求。它也容易被人体吸收和消化，黄豆蛋白质已被确认是唯一能媲美牛奶、肉类和鸡蛋蛋白的植物蛋白，可满足孩童的生理所需。
特别强调的是，母乳是最不会引起过敏的食物，也是过敏体质的宝宝最适合的食物。母乳的好处非常多，例如：对免疫系统的保护作用可以抵御病菌的侵犯、建立亲子间的关系，有益宝宝心智上的发育等等。母乳尤其是初乳含有很丰富的A型免疫球蛋白与许多因子，如有杀菌作用的蛋白可以使新生小宝宝免于疾病侵犯。医学研究报告中指出，母乳确实可以降低腹泻、呼吸道感染、中耳炎与哮喘的发病。
因此，母乳喂养是宝宝健康的不二法门，并且建议至少给予宝宝四到六个月的母乳对宝宝过敏症状的发生有预防的作用。有过敏体质的妇女，必须重视饮食，以减少胎儿过敏体质的发生几率。宝宝出生后，妈妈的饮食应更严谨：避免吃容易引起过敏食物，如鸡蛋、牛奶、鱼、花生、小麦、贝壳类等。
如何预防牛奶蛋白过敏症：
绿色健康、无烟、无污染的生活环境。
哺乳婴孩4至6个月。
喂母乳母亲不能吃花生、鸡蛋、海鲜类等易引起敏感症的食物。
