秦始皇三十四年( 公元前213 年)，丞相李斯上书说：“从前各诸侯相争，都是用丰厚的待遇招揽宦游的士人。现在天下平定，法令统一，百姓致力于农业和手工业生产，士人应该学习和熟悉法令。”
李斯说：“现在儒生们不学习今天的法令，而去学习古代的学问，用古代的学问来批评当今社会，惑乱百姓，一起攻击法令教化。这些人听说新的法令已经颁布，就各用自己的学说议论它，在家则心生非难，出门则街谈巷议，靠夸耀主上来获取名声，靠标榜不同意见来显示高明，带领人们制造诽谤舆论。这样的事若不加禁止，就会使君主的威信下降，臣下之中分成不同的政治派别。我请求命令史官，把史书中凡不是秦国撰写的全部烧掉。除了博士官所掌管的，天下收藏的《诗》、《书》、诸子百家的言论著作，都交给郡守和郡尉集中烧毁。有敢谈论《诗》、《书》的，处死;用古代的理论批评当今社会的，族诛;官吏知情而不举报的，与犯者同罪;命令下达30天后，还敢私藏这些书籍的，在脸上刺字，罚去做苦工。医药、卜筮、种树等方面的书不烧。如果有人想学习法令，让他以官吏为师。”秦始皇下令照办。
魏国人陈馀对孔子的八世孙孔鲋说：“秦朝廷将要毁灭掉前代君王的书籍，而你正是这些书籍的拥有人，这实在是太危险了!”孔鲋说：“我所研究的是一些看来无用的学问，真正了解我的只有朋友。秦朝廷并不是我的朋友，我会遇到什么危险呀!我会把书籍收藏好，就不会有什么灾难了。”
次年，儒生侯生、卢生一起讥讽议论秦始皇，害怕罪责难免，于是逃走了。秦始皇听说后，非常生气，说：“卢生这些人，我对他们那么尊重，赏赐也十分丰厚，现在却来诽谤我!那些还在咸阳的诸生，我要派人去察问，看有没有人以怪诞不经的话扰乱百姓。”于是派御史一一拷问。诸生彼此牵连，互相诿过，推卸责任，最后捕获犯罪者四百六十多人，都被活埋于咸阳，让天下人都知道，以警戒后人。将其余人士，贬往边境。始皇的长子扶苏进谏说：“这些读书人都诵习效法孔子之言。现在都被处以重刑，我怕天下会有变乱了。”始皇大怒，将扶苏派到上郡，监督蒙恬的军队。
