晋大司马桓温，倚仗他的才能与声望地位，暗中怀有反叛的念头，曾经拍着枕头慨叹地说：“大丈夫不能流芳百世，也应当遗臭万年!”术士杜炅能预测人的贵贱，桓温问他自己的官位能到什么地步。杜炅说：“明公的功勋举世无双，能做到一人之下，万人之上。”桓温听了以后很不高兴。
桓温想先到河朔建立功业，赢得更大的声望以后，再回来接爱九锡的礼遇。结果在枋头战败，影响了他的声望。等到攻克寿春，平定叛乱，桓温对参军郗超说：“这足以洗雪枋头战败的耻辱了吧?”郗超回答他说：“不能。”过了一段时间，郗超到桓温的住处留宿，半夜对桓温说：“明公没有什么打算吗?”桓温说：“你有什么话要说吗?”郗超说：“明公承担着天下的重任，在六十高龄的时候，却遭遇大败，如果不建立非常的功勋，就不足以满足百姓的期望!”桓温问：“那该怎么办呢?”郗超说：“明公不做伊尹放逐太甲、霍光废黜昌邑王那样的事情，就无法建立大权威，镇伏天下之人。”桓温一向有这想法，就和他一起谋划。
考虑到海西公司马奕一向谨慎，没有什么过错，而床第之事比较容易捏造，于是就造谣说受皇帝宠爱的相龙、计好、朱灵宝等人侍候皇帝起居，与田氏、孟氏两位嫔妃生下三个儿子，将要立为太子，或封为藩王，转移司马氏的基业。偷偷将这些话在民间散播，当时的人都不能辨别真假。
晋咸安元年(公元371年)十一月，桓温劝说褚太后，请求废黜司马奕，立丞相会稽王司马昱为帝，还草拟了诏令呈给褚太后。太后正在佛室烧香，内侍通报说：“外边有紧急奏章。”褚太后出来，靠着门看奏章，刚看了几行就说：“我本来就怀疑会这样!”看了一半停下来，向内侍要来笔加上：“未亡人不幸遭受了这些忧患，想起死去的和活着的人，心如刀割!”
十五日，桓温把文武百官召集到朝堂。废立皇帝是晋朝建立以来所没有过的事情，所以没有人知道原来的典礼应该是怎样，百官都很恐惧。桓温也非常紧张，不知道该怎么办。尚书左仆射王彪之对桓温说：“您废立皇帝，应当效法前代的成规。”于是就令人取来《汉书·霍光传》，很快就决定了礼节仪式。王彪之穿着上朝的官服站在台阶上， 神情沉着，一点也不慌张，文武官员的礼仪标准，全都由他决定，满朝文武也因此而佩服他。于是宣布太后的诏令，废黜司马奕为东海王，以丞相、录尚书事、会稽王司马昱继位为帝。百官进入太极前殿，桓温让督护竺瑶、散骑侍郎刘亨收走了皇帝的玺绶。
司马奕头戴白帽，身穿单衣，走下西堂，乘着牛车出神虎门，群臣叩拜辞别，都哽咽流泪。侍御史、殿中监带领一百多名士兵，把他护送到东海王的宅第。
桓温率领百官准备好皇帝的车驾，到会稽王的官邸去迎接会稽王司马昱。司马昱在朝堂更换了服装，戴着平顶的头巾，穿着单衣，面朝东方哭泣，叩拜接受玺绶。当天，司马昱即位，改年号为咸安。
