军校创建后，以贯彻孙中山“创造革命军，来挽救中国的危亡”为宗旨，以蒋介石“亲爱精诚”为校训，其目的是为国民革命培养军事和政治人才，实行武装推翻帝国主义和封建军阀在中国的统治，完成国民革命。
军校由校总理、校长、党代表组成校本部最高领导，直隶国民党中央委员会。下设办公厅和政治、教授、教练、管理、军需、军医六部以及总教官室、军校教导团等。政治部掌管政治教育、党务和宣传，教授和教练部（1925年1月两部合并为教育部，1926年改为训练部）分管军事学科和术科的教授与训练。1926年3月国民革命军各军开办的军事学校与军校合并，校名改为中央军事政治学校，归属中央军事委员会领导，校本部添设副校长一职，并增设入伍生部、编辑处、兵器研究处等组织，各类机构增至数十个。学生分为学生队、学员队、入伍生、军士教导队等。1928年5月改为国民革命军军官学校，1929年9月又更名为国民革命军黄埔军官学校，直到1930年9月7日，奉蒋介石令军校停办，设于广州的黄埔军校于是结束。
军校创办后，国共两党均派出重要干部到校任职、讲学。孙中山亲任校总理，蒋介石任校长，廖仲恺任党代表，李济深任副校长。教育长初为胡廉，后为邓演达、方鼎英等。政治部主任先后为戴季陶、周恩来、熊雄等，副主任为张崧年、鲁易等，政治部秘书聂荣臻。教练部主任李济深，副主任邓演达。教授部主任王柏龄、副主任叶剑英。战术总教官何应钦，入伍生总队长邓演达、张治中，校本部秘书陈立夫。政治教官以共产党员为主，有恽代英、萧楚女、高语罕、张秋人、于树德等。军事教官有刘峙、顾祝同、陈诚、钱大钧、季方等。同时前苏联政府派来富有军事和政治经验的鲍罗廷、加伦、巴浦洛夫、切列潘诺夫等专家指导军校建设。
军校党代表，即国民党党代表，负责监察校内行政，指导党务进行，主持政治训练等事宜。1925年9月军校特别区党部改为国民党特别党部，直隶国民党中央党部，严重、熊雄等共产党员曾当选为特别党部的监察委员和执行委员。同时军校还有共产党的秘密组织??中共广东区委黄埔特别支部，“特支”在推动军校贯彻孙中山的联俄、联共、扶助农工的三大政策中起了重要作用。
为发展革命力量，实现推翻帝国主义和封建军阀的统治，完成国民革命，军校于1924年10月、12月相继成立了教导一团、二团，亦称校军，是直属军校的一支新型革命武装，其建制仿前苏联红军。自连以上设党代表，军校的教官和学生担任教导团的各级指挥官、党代表和军事骨干。1925年4月13日，根据国民党中央执行委员会令，军校教导团改称“党军”，建制照旧。教导团成立后在平定商团叛乱、东征中战绩卓著，成为革命武装的核心和中坚，是统一、巩固广东革命根据地的一支重要力量。在浴血奋战中教导团不断发展壮大，扩充为旅、师，1925年7月，根据广东国民政府决定，以其为主扩大组建了国民革命军第一军。
军校教育吸取前苏联创建红军的经验，改变国内外军校纯以军事技术为主的教练方法，采取以军事与政治并重、理论与实践结合的教育方针，注重提高学生的政治觉悟，培养学生爱国、革命的精神，使其自觉地成为反帝反封建的战士，成为既善于做政治工作，又能指挥作战的革命军官。军校学制原定3年，因革命形势发展急需，学制缩短6个月。政治教育，是在周恩来的主持下创立起来的，并形成了一套崭新的制度。课程共设26门，在教学中对不同党派、学派的思想理论实行兼容并包。在校党代表训令中明确规定：“社会主义、共产主义，马克思主义等书籍，本校学生皆可阅读。”所以对学生既进行新三民主义教育，又进行共产主义教育。课程主要由共产党员讲授，并由前苏联顾问讲授红军战史、战例，还邀请谭延?、张静江、何香凝、毛泽东、苏兆征、刘少奇、吴玉章、张太雷、鲁迅等到校演讲，并采取政治演讲、政治讨论会、政治调查，成立宣传队、剧社等各种教学形式和活动，锻炼和提高学生从事群众工作的能力。此外，还出版发行校报、校刊、丛书、画报等刊物，在社会上颇有影响。在军事教育方面，按军事学分为学科与术科，在教学中善于借鉴、吸取第一次世界大战的经验教训，采用前苏联和世界最新的军事理论和军事技术进行讲授、训练，注重军事理论和军事操练相结合，以培养学生成为英勇善战的指挥员。至1927年军校已发展成为体制健全、组织严密、规模庞大的武装革命组织。此时除校本部外，还在长洲岛的平岗、蝴蝶岗以及珠江两岸的鱼珠沙路和广州的陈家祠，北较场等地分驻学生，并在潮州、南宁、长沙、武汉等地增设分校。军校培训的兵种，由最初步兵单科逐步扩增到炮兵、骑兵、工兵、宪兵以及经理、政治、无线电、交通、航空等科，招收的学生分为高级班、入伍生、学生军、军士教育队、军官补习班等类。学生来自全国20多个省，并有归侨及朝鲜、越南、泰国等国学生，文化程度有大学生、中学生、小学生及工农子弟。
